組織架構
第一層：局長
第二層：副局長
第三層：健康促進科、疾病管制科、醫事科、藥物食品檢驗科、長期照顧科、行政科、會計室、人事室
第四層：金城鎮衛生所、金沙鎮衛生所、金寧鄉衛生所、烈嶼鄉衛生所、金湖鎮衛生所、心理衛生中心、長期照顧管理中心
