健康促進科
電話：(082)338863#706、720
傳真：(082)334897
婦幼及青少年衛生保健、成人及中老年健康促進、國民營養推動、癌症防治、職業病防治、菸害防制、衛生教育、社區健康營造、健康暨高齡友善城市推動、生命統計、衛生所管理、烏坵鄉基層醫療及保健等業務管理事項。
疾病管制科
電話：(082)330697 #601、616
傳真：(082)334047、336021
傳染病監控與防治、防疫物資管理、營業衛生管理、移工健康管理、生物病原災防及動員、預防接種及疫苗管理、醫院及機構感染管制查核、傳染病認可檢驗機構審核查核及其他相關事項。
醫事科
電話：(082)338863#200、221
傳真：(082)334058
醫療政策、醫療資源與品質之提升、全民健康保險宣導、緊急救護、醫療機構管理、醫事人員執業管理、精神衛生、心理健康、自殺防治、毒防轉介服務、家庭暴力及性侵害加害人處遇等事項；護產機構及人員管理、烏坵鄉緊急醫療及整合性醫療等事項。
藥物食品檢驗科
電話：(082)330697 #301~307
傳真：(082)335501
檢驗室電話：(082)337560 #21、22、23、25
檢驗室傳真：(082)335119
藥政、藥物、化妝品、藥商、藥事人員管理及督導有關藥政化妝品管理事項；食品衛生管理、食品安全管制事項；公共衛生檢驗、食品衛生檢驗及醫事檢驗機構檢驗品質輔導事項。
長期照顧科
電話：(082)337521 #300、118
傳真：(082)335114
長期照顧政策、法規及方案之執行、發展長期照顧服務、長期照顧人力培訓、長期照顧服務機構及服務人員之管理監督、失能個案照顧管理、外籍看護工申請審查、身心障礙鑑定及其他有關事項。
行政科
電話：(082)330697 #502~508
傳真：(082)335029
文書、檔案、印信、庶務、出納、衛生企劃、研考、資訊、法制作業及其他不屬各科之業務等事項。
人事室
電話：(082)330697 #207
傳真：(082)336931
依法辦理人事管理事項
會計室
電話：(082)330697 #206
傳真：(082)336061
依法辦理歲計、會計，並兼辦統計事項。