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民國34年抗戰勝利後始成立金門縣衛生院於金城鎮模範街，其間曾一度由民間慈善團體改辦為平民診所，未幾復納入行政公署，改稱為衛生事務所，39年9月改為金門公醫事務所，於42年隨縣治恢復為福建省金門縣衛生院，民國45年遷至金湖鎮現址。民國65年1月修編奉行政院核定金門縣衛生院併附設醫院編制。
及至政府宣佈解除戒嚴，終止戰地政務實驗，於民國81年12月7日奉准設立福建省金門縣衛生局暨縣立醫院，自此以後金門才算有直接推動公共衛生的專責機構。
89年3月1日衛生局組織編修後，環保業務獨立成立福建省金門縣環境保護局，本局原設三課、會計室及人事管理員，附屬機關計有四個鄉(鎮)衛生所及縣立醫院。後於民國93年6月底依據金門縣政府組織自治條例第12條之規定調整本局組織，設置保健課、疾病管制課、醫政課、藥物食品衛生課、衛生檢驗課、行政室、會計室、人事室共五課三室，附屬機關計有5個衛生所及金門縣立醫院。
金門縣立醫院於94年10月1日改制並整併署立台北醫院花崗石院區(前為國軍金門醫院)為行政院衛生署金門醫院。
102年10月依據金門縣衛生局組織規程修訂本局組織規程為保健科、疾病管制科、醫事科、藥物食品檢驗科、行政科、會計室、人事室共五科二室。
108年12月依據金門縣衛生局組織規程修訂本局組織規程為健康促進科、疾病管制科、醫事科、藥物食品檢驗科、長期照顧科、行政科、會計室、人事室共六科二室。
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