食品業者登錄制度為食安把關的一環，而食品業者依法登錄後需於每年7月至食品藥物業者登錄平台完成資料確認作業。請地區食品業者準備好工商憑證或負責人之自然人憑證，至「食品藥物業者登錄平台」(簡稱非登不可)（https://fadenbook.fda.gov.tw/）完成申報更新之資料確認(表單內紅色＊標註的欄位皆要填寫確認更新)，如有登錄問題可撥打食品業者登錄免付費諮詢專線(登錄制度詢：0800-588-106，系統操作諮詢：0809-080-209)。
另如有對電腦使用不熟悉者或長者，金門縣衛生局提供專人服務，業者可攜帶申請登錄字號時的電子憑證（工商憑證、自然人憑證或組織憑證卡），若為「餐飲業」需再攜帶餐飲類技術士證影本，「烘焙業」需攜帶烘焙食品技術士影本，於上班日08:00-12:00及13:30-17:30前往衛生局辦理(金湖鎮新市里復興路1-12號3F) ，衛生局電話082-330697#313葉小姐。
食品業者應依法規完成登錄並確認登錄資料正確無誤，如有登錄不實或未依規定完成食品業者登錄者，依違反食品安全衛生管理法第8條第3項規定並依第47、48條規定，將處新臺幣3萬元以上300萬元以下罰鍰。